就目前接种HPV疫苗的效果而言，其针对女性宫颈癌、男性尖锐湿疣以及男女都可能患上的口腔癌、咽喉癌等疾病的预防效果尤为显著。尽管如此，HPV疫苗的预防效果也是不保终身的，有关研究显示，目前上市使用的疫苗有效期大概在4.3-6年，而且疫苗的效果表现与很多因素直接或间接相关。
性行为于HPV疫苗存在直接相关性，HPV病毒感染的主要途径就是性接触，有规律的性行为对疫苗效果的表现有很大的关系。接种疫苗是可以预防多种HPV感染，而且最好每次性行为都保持带安全套的习惯。不管是男性还是女性，对于下体私处卫生的清洁应该相当重视，男性包皮是HPV滋生感染的主要部位。
HPV病毒感染与否与HPV疫苗效果体现有直接关系，未感染HPV的人接种疫苗的效果可以达到100%。对于已经感染HPV病毒的人而言，接种疫苗可以预防已感染的病毒持续感染，以及预防可能感染的多种HPV交叉感染。
对于性生活紊乱、性伴侣混乱、生育5个以上孩子的女性、有HPV感染导致相关疾病经历等这类人群注射疫苗仍然有效，但有效性据个人情况而定。接种完疫苗后不能一劳永逸，规律的性行为，私生活环境管理等对于HPV感染的预防都有很大的作用。因为HPV疫苗的效果会随时间的推移而逐渐消失，因此定期去医院接受检查才是比较全面的预防措施。
HPV疫苗有多少年的有效期?目前美兆香港健检中心可以接种的HPV疫苗有三种，并且在注射完卉妍康和四价加卫苗之后间隔一周年以上可以继续接种新型九价HPV疫苗加强自身抗体水平。尽管对于疫苗的有效期有研究结果，但是因疫苗上市至今才不过十年光景，而疫苗持续接种，因此疫苗的有效期还待跟进研究。
